Настоятели Новоспасского монастыря носили сан архимандритов или пребывали в архиерейском сане. Примечательно, что святой Патриарх Иов даровал архимандритам Новоспасским право совершения богослужений с использованием рипид и орлецов, а некоторые из них Высочайшими повелениями удостаивались и других преимуществ архиерейских, например, дозволением осенять молящихся дикирием и трикирием. Трем Новоспасским архимандритам – Иерофею Прилуцкому († 1728), Мисаилу Чирскому († 1764) и Гавриилу Кременецкому (впоследствии митрополит Киевский, † 1783) царскими указами было предоставлено редкое в то время право ношения мантии со скрижалями.
В разное время архимандритами Новоспасскими были выдающиеся иерархи, немало сделавшие для Русской Церкви и Российского государства. Среди них – святитель Вассиан I, архиепископ Ростовский, святитель Иов, первый Патриарх Московский и всея Руси, Патриарх Никон и Патриарх Питирим, святитель Филарет, митрополит Московский и Коломенский. Два настоятеля Новоспасского монастыря были прославлены в Соборе новомучеников и исповедников Российских на Юбилейном Архиерейском Соборе 2000 г. – священномученик Макарий (Гневушев, † 1918), епископ Орловский, и священномученик Павлин (Крошечкин, † 1937), архиепископ Могилевский.
Обратите внимание: Если сан настоятеля указан, например, так: архимандрит/+епископ, то это означает, что указанный священнослужитель настоятельствовал в сане архимандрита, а скончался в сане епископа уже после периода своего настоятельства в Новоспасском монастыре. В истории обители были случаи, когда настоятели из архимандритов становились епископами и продолжали свое настоятельство в Новоспасском монастыре уже в архиерейском сане, а позже переводились на архиерейские кафедры в епархии. Так, святитель Филарет (Дроздов), митрополит Московский и Коломенский, настоятельствовал в сане архимандрита, а затем епископа Ревельского, викария Санкт-Петербургской епархии.
| Сан | Имя | Годы настоятельства |
|---|---|---|
| архимандрит/+епископ | Иоанн I | 1330 - 1346 |
| архимандрит | Петр | 1346 - 1353 |
| архимандрит | Иоанн II | 1353 - 1374 |
| архимандрит | Михаил | 1375 - 1377 |
| архимандрит | Симеон | 1382 - 1382 |
| архимандрит | Сергий I | 1389 - 1389 |
| архимандрит | Игнатий | 1389 - 1404 |
| архимандрит | Феодосий | 1404 - 1404 |
| архимандрит | Матфей | 1404 - 1404 |
| архимандрит/+епископ | Иларион | 1406 - 1406 |
| игумен (архимандрит?) | Савва | 1410 - 1410 |
| архимандрит/+архиепископ | Трифон | 1453 - 1462 |
| архимандрит/+архиепископ (святой) | Вассиан I | 1466 - 1468 |
| архимандрит | Герман | 1474 - 1474 |
| архимандрит | Елисей | 1483 - 1488 |
| архимандрит | Афанасий I | 1496 - 1515 |
| архимандрит | Савва | 1526 - 1530 |
| архимандрит/+епископ | Феодосий | 1539 - 1542 |
| архимандрит/+епископ | Нифонт I | 1543 - 1554 |
| архимандрит | Никифор | 1554 - 1558 |
| архимандрит/+епископ | Галактион | 1558 - 1565 |
| архимандрит/+митрополит | Афанасий II | 1564 - 1564 |
| архимандрит | Антоний I | 1565 - 1568 |
| архимандрит/+архиепископ | Вассиан II | 1569 - 1575 |
| архимандрит/+Патриарх (святой) | Иов | 1575 - 1581 |
| архимандрит | Иоаким | 1581 - 1589 |
| архимандрит | Сергий II | 1589 - 1589 |
| архимандрит | Сильвестр | 1589 - 1598 |
| архимандрит | Закхей | 1598 - 1599 |
| архимандрит | Сергий III | 1599 - 1606 |
| архимандрит | Евфимий I | 1610 - 1613 |
| архимандрит/+архиепископ | Иосиф I | 1613 - 1619 |
| архимандрит | Нифонт II | 1623 - 1623 |
| архимандрит | Лаврентий I | 1627 - 1629 |
| архимандрит | Митрофан | 1629 - 1629 |
| архимандрит | Тихон I | 1630 - 1631 |
| архимандрит | Иосиф II | 1631 - 1637 |
| архимандрит | Лаврентий II | 1638 - 1638 |
| архимандрит | Иона | 1639 - 1645 |
| архимандрит/Патриарх | Никон I | 1646 - 1649 |
| архимандрит | Никон II | 1649 - 1654 |
| архимандрит/Патриарх | Питирим | 1654 - 1655 |
| архимандрит | Сергий IV | 1656 - 1656 |
| архимандрит | Иосиф III | 1658 - 1663 |
| архимандрит | Прохор | 1663 - 1664 |
| архимандрит/+митрополит | Иосиф IV | 1664 - 1674 |
| архимандрит | Нифонт III | 1674 - 1697 |
| архимандрит | Макарий I | 1674 - 1681 |
| архимандрит/+архиепископ | Гавриил I | 1681 - 1684 |
| архимандрит/+митрополит | Игнатий | 1684 - 1692 |
| архимандрит/+митрополит | Тихон II | 1692 - 1695 |
| архимандрит/+митрополит | Трифиллий | 1695 - 1697 |
| архимандрит/+митрополит | Исаия | 1697 - 1699 |
| архимандрит | Иларион I | 1699 - 1701 |
| архимандрит | Иоасаф I | 1701 - 1702 |
| архимандрит | Иоасаф II | 1702 - 1710 |
| архимандрит/+епископ | Досифей | 1710 - 1711 |
| архимандрит | Моисей | 1711 - 1714 |
| архимандрит | Арсений | 1715 - 1716 |
| архимандрит | Сергий V | 1716 - 1720 |
| архимандрит | Иерофей | 1721 - 1728 |
| архимандрит | Евфимий II | 1728 - 1730 |
| архимандрит | Феофил | 1730 - 1732 |
| архимандрит | Иларион II | 1733 - 1735 |
| архимандрит/+епископ | Никодим | 1736 - 1738 |
| архимандрит/+епископ | Антоний | 1739 - 1748 |
| архимандрит/+митрополит | Гавриил II | 1748 - 1749 |
| архимандрит | Мисаил | 1749 - 1764 |
| архимандрит/+епископ | Кирилл I | 1758 - 1758 |
| архимандрит/+архиепископ | Симон | 1764 - 1769 |
| архимандрит | Иоанн III | 1770 - 1778 |
| архимандрит | Иоасаф III | 1779 - 1785 |
| архимандрит/+архиепископ | Павел | 1786 - 1794 |
| архимандрит/+архиепископ | Мефодий | 1794 - 1795 |
| архимандрит/+архиепископ | Амвросий I | 1795 - 1796 |
| архимандрит/+архиепископ | Анастасий | 1796 - 1797 |
| архимандрит | Иакинф | 1797 - 1798 |
| архимандрит | Варлаам | 1799 - 1811 |
| архимандрит/+епископ | Сергий VI | 1811 - 1812 |
| архимандрит/+епископ | Амвросий II | 1812 - 1816 |
| архимандрит/+митрополит (святой) | Филарет | 1816 - 1819 |
| архимандрит/+архиепископ | Кирилл II | 1819 - 1824 |
| архимандрит | Поликарп | 1824 - 1834 |
| архимандрит | Аполлос | 1834 - 1851 |
| епископ | Агапит I | 1851 - 1852 |
| архимандрит | Агапит II | 1852 - 1877 |
| епископ | Порфирий | 1878 - 1885 |
| епископ | Петр | 1885 - 1889 |
| епископ | Нестор | 1889 - 1894 |
| епископ | Анатолий | 1894 - 1898 |
| архимандрит | Климент | 1898 - 1906 |
| архимандрит/+архиепископ | Борис | 1906 - 1909 |
| архимандрит/+епископ (святой) | Макарий II | 1909 - 1914 |
| епископ | Евфимий III | 1914 - 1918 |
| епископ | Палладий | 1919 - 1922 |
| архимандрит/+архиепископ (святой) | Павлин | 1920 - 1921 |
| архимандрит/+епископ | Евгений | 1922 - 1922 |
| архимандрит/архиепископ | Алексий | 1991 - 2011 |