В 1990-х годах вышли из печати 4-й, 7-й, 8-й, 9-й и 10-й тома уникального издания – иллюстрированной РУССКОЙ БИБЛИИ. Том 4-й включает в себя Псалтирь, том 7-й – Четвероевангелие, том 8-й – Апостол и Апокалипсис, том 9-й – предисловие к Библии 1499 года, подробное оглавление Геннадиевской Библии, список изданий Библии на славянском и русском языках, палеографическое описание рукописи. Реальным стало воплощение Библейского проекта архимандрита Иннокентия (Просвирнина, + 1994), в основу которого положена первая полная Русская Библия 1499 года и миниатюры из русских рукописей.

Издание автор начал с Евангелия, в продолжение русской книгоиздательской традиции. В четвертом томе представлено 43, в седьмом томе 51, в восьмом томе 34, в девятом - 54 рукописных Библейских кодекса с X по XIX века, а также 4 старопечатные Библии. В каждом из томов как бы красной нитью проходят основные лицевые рукописи. В четвертом томе это Псалтирь 1397 года (так называемая Киевская Псалтирь), Псалтирь XV века (Угличская Псалтирь). В седьмом томе это Евангелие Антониева Сийского монастыря 1693 года. В восьмом томе особое значение имеют миниатюры уникального Апокалипсиса XVI века из собрания купца Егорова (Российская государственная библиотека). Лицевой Апокалипсис впервые представлен в полном объеме, раскрывая Откровение о последних судьбах мира так, как видели это наши духоносные отцы. В девятый том включены миниатюры из Хронографа XVII в., Хроники Козьмы Индикоплова из собрания Московской Духовной Академии, уникальная древняя карта, изображение Скинии Завета VII века с надписью на арамейском языке, миниатюры из греческих Евангелий, а также из уникального издания Библии 1581 года - Острожской Библии. Подробное оглавление Геннадиевской Библии украшено также великолепными лаковыми миниатюрами из Книги пророков XIX века и Апокалипсиса XIX века. Несомненный интерес представляют Пасхалии и Круг миротворный. В этот том также вошел наиболее полный перечень изданий Библии на славянском и русском языках, а также статья старшего научного сотрудника Государственного Исторического музея Костюхиной Любови Михайловны о Геннадиевской Библии.

Кроме рукописей, в которых насчитываются тысячи или сотни миниатюр, в издании представлены и многочисленные лицевые рукописи, содержащие всего одну миниатюру. Однако несмотря на такое разнообразие использованного материала наблюдается определенное единство – русскими художниками владело глубокое религиозное чувство, которое одухотворяло работу. Кроме собственно рисунков образ Русской Библии составляют и лучшие образцы каллиграфического искусства русских мастеров. По возможности мы старались включить в издание и наиболее значимые с точки зрения текстологии памятники. Особую ценность в этом отношении представляют полностью воспроизведенные Псалтирь и Четвероевангелие из Библейского свода 1502-1507 годов, так называемого "Десятоглава Матфея Десятого", принадлежавшего ранее Супрасльскому монастырю.

Среди многих изданий Библии в современном мире подобного издания нет. Здесь обобщены лучшие образцы 1000-летней традиции русской рукописной книги, это своеобразная антология русской книжности.

При формировании томов, в которые включен текст Геннадиевской Библии, мы сознательно ограничивались книжной миниатюрой. Ставилась задача создать образ Книги.

Около 400 икон (включая резные и шитые), фресок и 56 картин русских художников на Библейские темы составили отдельный том, который построен так, что Библейский текст объясняет и толкует образы. К каждой иконе и фреске приведена точная цитата из Священного Писания, что позволяет по-новому осмыслить и лучше понять икону. Открывает этот том РУССКОЙ БИБЛИИ предисловие Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, изобразительный ряд открывает "Троица" преподобного Андрея Рублева, а завершает – удивительная икона "Символ веры".