В 1918 году Новоспасский монастырь был закрыт. К осени здесь уже действовал концентрационный лагерь. Святое место стало местом смерти и тюремного заключения. В первые годы здесь находилась женская тюрьма, затем "исправительно-трудовой лагерь" для уголовников и политических заключенных. В 1930-е годы начался новый этап разорения древней обители. Был уничтожен знаменитый некогда монастырский некрополь, занимавший 2/3 территории обители, и где покоились видные деятели Государства Российского и Церкви. В 1935 году территория монастыря передана в ведение хозяйственного управления НКВД. В соборном храме разместили архив НКВД Московской области, в Никольском - склад конфискованной мебели и картофелехранилище, остальные пригодные помещения были переоборудованы и заселены. И все же поруганный и оскверненный, превращенный в место пыток и смерти, монастырь продолжал напоминать о великой Руси, ее славной истории и преданности христианству. Тогда было решено его взорвать. Но помешало этому начавшаяся Великая Отечественная война.

В 1950-е годы безо всякого внешнего воздействия  рухнул щит с лозунгом "Дома культуры вместо монастырей", висевший над входом в усыпальницу бояр Романовых. В результате открылся чудесный мозаичный образ Спасителя Нерукотворного. Через десять лет началось выселение жильцов и различных учреждений из монастырских помещений. В 1967 году в результате открытого письма Павла Корина был закрыт медвытрезвитель в Знаменском храме. В 1968 году на территории обители создается "Музей истории и современной практики реставрационного дела в СССР". Тогда же начались реставрационные работы, продолжавшиеся более 20 лет. В основном они касались внешнего облика некоторых зданий. Внутри же расположились объединения "Союзреставрация" и ВНИИ реставрации с их художественно-производственными мастерскими.

4 декабря 1990 года Новоспасский монастырь возвращен Московской Патриархии. Это решение было принято в день празднования Введения Пресвятой Богородицы во храм. Спустя ровно 500 лет после закладки каменного Спасо-Преображенского собора в монастыре вновь затеплилась молитва.